Rechtsform des Instituts ist ein gemeinnütziger Verein.

Acht Trägerorganisationen bilden die Generalversammlung des VWI:

Dokumentationszentrum des Bundes jüdischer Verfolgter des Naziregimes (B.J.V.N.)
Dokumentationsarchiv des österreichischen Widerstandes (DÖW)
Institut für Zeitgeschichte der Universität Wien (IfZG)
International Holocaust Remembrance Alliance (IHRA)
Israelitische Kultusgemeinde Wien (IKG)
Jüdischen Museums Wien (JMW)
OeAD ERINNERN:AT
Zentrum für jüdische Kulturgeschichte der Universität Salzburg

Die Generalversammlung ist das oberste Gremium des VWI. Der Vorstand, bestehend aus acht von der Generalversammlung delegierten Mitgliedern, trifft alle operativen Entscheidungen.

In allen inhaltlichen, wissenschaftlichen und forschungsbezogenen Belangen spricht ein von der Generalversammlung nominierter Internationaler Wissenschaftlicher Beirat Empfehlungen an den Vorstand aus, die dieser nach seinen Möglichkeiten umzusetzen hat bzw. diese nur in begründeten Fällen ablehnen kann.

Das VWI-Team richtet – unter der Institutsleitung – die laufenden Arbeiten des Instituts aus, betreibt das Archiv, die Bibliothek und das Museum, plant die Veranstaltungen und betreut die am Institut laufenden Projekte sowie das Fellowshipprogramm.