Das Archiv des VWI betreut neben seinem institutseigenen Archiv auch mehrere Sammlungen. Dazu gehört das Archiv des Bundes Jüdischer Verfolgter des Naziregimes (Simon Wiesenthal Archiv) aus den ehemaligen Büros Simon Wiesenthals in Linz und Wien. Seit 2018 sind die holocaustbezogenen historischen Bestände des Archivs der Israelitischen Kultusgemeinde (IKG) Wien als Leihgabe im VWI untergebracht und nutzbar. Das Archiv übernimmt laufend Vor- oder Nachlässe von Personen, die sich mit dem Holocaust oder dessen Erforschung beschäftigt haben, sowie kleinere Sammlungen mit Holocaust-Bezug. Vor Ort können die Videointerviews des Austrian Heritage Archive (AHA), des Fortunoff Video Archive for Holocaust Testimonies, die Interview-Sammlung „Final Account: Third Reich Testimonies“, die Interviews der USC Shoah Foundation sowie des Videoarchivs der Refugee Voices genutzt werden.

Die Bibliothek des VWI ist eine Spezialbibliothek mit interdisziplinären Sammelschwerpunkten: Holocaust (inklusive seiner Vor- und Nachgeschichte), Genozid, Antisemitismus und Rassismus. Mit über 18.000 Medien bietet sie der Forschungscommunity wie auch der interessierten Öffentlichkeit eine umfangreiche Möglichkeit zur Auseinandersetzung mit diesen Themen.